Het recentere succesverhaal van Cappellen begon in 1988 in eerste provinciale met promotie naar bevordering. Cappellen wilde uit het moeras van de provinciale afdelingen geraken. Daarvoor haalde de club met Rik Coppens een adviseur binnen. Coppens liet zijn keurende blik enkele weken over de club gaan en gaf aan waar er verandering nodig was. Zo werd ondermeer coach Leo Goes vervangen door gewezen Pools international en ex-Beerschotspeler Stany Gzil. Cappellen groeide tijdens de competitie en kwam als tweede aan na Herentals: genoeg voor de promotie naar vierde nationale. In dat seizoen bereikte Cappellen ook de halve finales van de beker van Antwerpen. Herentals bleek echter te sterk.
De club bleef ook in de nationale reeksen ambitieus en haalde enkele topspelers binnen. Eerst haalde het Ton Blanker binnen. Deze Nederlander had heel Europa reeds afgereisd en kwam ondermeer uit voor Ajax, Guimaraes, Salamanca, Zaragoza en de LA Lakers. Samen met hem kwam ook ex-KVM-speler Marc De Cleene naar de club. In het eerste seizoen in vierde klasse bezette Cappellen meteen een mooie vijfde plaats in de eindrangschikking.
Het ambitieuze bestuur legde de lat nog hoger en versterkte de ploeg verder. Zo kwam gewezen Nederlands international Michel Van de Korput de Cappellense rangen versterken. Cappellen had een ijzersterke verdediging met verder Addie Gorree, doelman Geert Mestdagh en jeugdproduct Danny Lenie. In 1991 speelde R. Cappellen FC dan ook logischerwijs kampioen in vierde klasse en promoveerde naar derde nationale. De titel werd behaald op het terrein van Dendermonde na een zuinige 0-1-overwinning. Het werd overigens een bijzonder seizoen. De sterke verdediging kreeg op 30 wedstrijden amper tien doelpunten te slikken. Tot op heden is dat nog steeds een record in de nationale reeksen.
Tijdens dit kampioenenjaar was gewezen Nederlands international Michel Van De Korput de grote man in de verdediging van Cappellen. Van De Korput speelde eerder voor Köln, Torino en Feyenoord. Na zijn gedwongen afscheid van het profvoetbal ging de Nederlander aan de slag bij Germinal Ekeren. Twee seizoenen later kwam hij naar het andere geel-rood uit Noord-Antwerpen. Tijdens de kampioenenwedstrijd op Dendermonde kwam geel-rood 0-1 op voorsprong. Van De Korput vond dat het net iets spannender kon zijn en zei tegen trainer Gzil: ?Trainer, nou ga ik in de spits spelen.? De organisatie was helemaal weg, maar Cappellen hield uiteindelijk de 0-1 vast en was kampioen.
Michel Van De Korput
Eén week na de titel werden naast het eerste elftal ook twee jeugdploegen gehuldigd als kampioen van hun reeks
Cappellen groeide verder en gooide ook in derde nationale meteen hoge ogen. Naast de Ghanese international Stanley Aboraa haalde het ook enfant terrible Dirk Goossens naar de club. Goossens had bij Antwerp, Beerschot, Anderlecht en Lierse een pak ervaring pogedaan in eerste nationale, maar hield het niet lang uit bij Cappellen. Dirk Goossens kwam steevast met zijn Porsche naar de training. Deze zette hij in het wilde weg op de parking. Op een feestavondje stond de Porsche van Goossens dan ook in de weg. Toen men hem vroeg de wagen te verplaatsen, boden ondermeer Chris Delhaye en Roland Dessers aan om deze wagen te verplaatsen zodat ze ook eens in een Porsche hadden gezeten. De jonge snaken beperkten zich echter niet tot het verplaatsen van de wagen, maar gingen er natuurlijk een tochtje mee maken. Enkele uren later kreeg Goossens telefoon vanuit het politiebureau. De, overigens niet-verzekerde, Porsche stak perte-totale in de gracht. De ex-Beerschot-speler vatte het licht op, maar verplichtte de jongeren elk tot het betalen van een niet-onaardige som.
In dat eerste seizoen in derde klasse behaalde Cappellen meteen een tweede plaats na Beerschot. De Mannekes waren door de KBVB tot een extra degradatie naar derde klasse gedwongen na financiële problemen. Had niet Beerschot, maar wel Tongeren in de reeks van Cappellen gespeeld, had Cappellen wellicht meteen doorgestoten naar tweede klasse. Zo bleek Cappellen uiteindelijk de zwaarst gestrafte van de degradatie van Beerschot.
Niet getreurd; Cappellen bouwde verder aan de ploeg. Zo kwamen Jan Jacobs (Lierse) en doelman Dirk Pauwels (Germinal Ekeren) de rangen versterken. Het aanvallende compartiment werd aangevuld met sluipschutters Gunther Sterckx en Marc Adriaensen. Cappellen scoorde dat seizoen liefst 73 maal, maar moest zich andermaal tevreden stellen met een tweede plaats. Ditmaal was Westerlo de gelukkige kampioen. Opvallend gegeven: Cappellen won in dat seizoen driemaal tegen de ploeg uit de Parel van de Kempen. Voor de beker werd het 4-3, in competitie 4-0 en 2-4. Tegen de kleine ploegen werd echter te vaak gemorst met de punten om zich te verzekeren van de titel.
Tijdens de opgang in derde nationale zocht Cappellen ook in het buitenland naar enkele topspelers. Zo contracteerde men de Roemeense international Tudorel Cristea. Bij aankomst in België bleek het echter niet om de international te gaan, maar om zijn minder getalenteerde broer. Cristea verdween al snel via een achterpoortje.
Ook in het derde seizoen in derde klasse lukte het niet voor Cappellen. Sillah, Franken en Mertens (ex-Lierse en ?Waregem) moesten mee voor verdedigende zekerheid zorgen terwijl Gordan Vidovic werd weggeplukt bij Tienen. Cappellen startte goed en draaide mee aan de top van de rangschikking. Patro Eisden was de enige club die gelijke tred kon houden met de Noord-Antwerpenaars. Lei Clijsters was trainer van de Limburgse club en menig supporter is er nog steeds van overtuigd dat sommige scheidsrechters de nieuwbakken trainer meteen aan een titel wilden helpen. Cappellen verloor de topper tegen Patro Eisden ongelukkig met 0-2 en kon het ontstane verschil in de stand nooit meer goedmaken.
Supportersclub ?De Zevende Hemel? zorgde voor de ambiance naast de lijn.
Via de eindronde had Cappellen nog een tweede mogelijkheid dat seizoen. Tweede klasse breidde immers uit tot achttien ploegen waardoor er een extra promotieticket was. Cappellen schakelde eerst Herentals en Hoogstraten uit om vervolgens in de finale tegen Overpelt uit te komen. De Limburgers waren derde geëindigd in de reeks van Cappellen. Cappellen trok in een bloedstollende finale echter aan het kortste eind: 1-0. Doelman Pauwels ging bij het beslissende doelpunt niet helemaal vrijuit. Kwatongen beweren vandaag nog steeds dat er aan die finalewedstrijd geld is blijven kleven aan de handschoenen van de Cappellen-goalie. Na de wedstrijd werd er desondanks verbroederd met de bevriende supporters van Overpelt-Fabriek. De toenmalige supporters weten beter dan wie ook wat bedoeld wordt met een boerenjaar. Het heeft iets te maken met kippen, hanen en een verdwaalde big.
In het volgende seizoen verplaatste de KBVB Cappellen van de B naar de A-reeks in derde klasse. Omdat men bijna geen enkele ploeg kende, stuurde trainer Gzil zijn spionnen uit. Voor de eerste wedstrijd in Denderleeuw was Pol De Mesmaeker vrijgesteld van de vrijdagtraining. De Mesmaeker woonde immers in de Denderstreek en werd dus naar de training van FC Denderleeuw gestuurd. De Mesmaeker bekeek de training vanuit een verdoken positie tot Denderleeuw-trainer Denis Asselman de training onderbrak en riep: ?De Mesmaeker; kom van achter die paal. Ik zie u staan!?
In 1995 behaalde Cappellen uiteindelijk toch de titel in derde nationale en trad op die manier ook toe tot het selecte groepje Ligaclubs. Cappellen had de Limburgse reeks geruild voor een reeks die hoofdzakelijk bestond uit ploegen afkomstig uit Oost- en West-Vlaanderen, aangevuld met enkele Waalse clubs. In tegenstelling tot de voorgaande seizoenen waren er vele teams aan elkaar gewaagd. Cappellen startte sterk tegen enkele goede ploegen en had meteen de juiste cadans te pakken. Pas net voor de winterstop werd de eerste en enige nederlaag van het seizoen geleden: 2-0 bij Union. Cappellen was tijdens dit seizoen de meest regelmatige van alle titelkandidaten en haalde de titel binnen op paaszondag. Dit deed het overigens zonder zelf te spelen.
Op paaszondag reisde spelers en supporters van Cappellen FC af naar het kleine stadion van Denderleeuw om er de inhaalwedstrijd tussen het plaatselijke blauw-zwart en Olympic Charleroi bij te wonen. Als Denderleeuw niet won, was Cappellen kampioen. De thuisploeg klom verdiend op voorsprong, maar de bezoekers kwamen tegen de gang van het spel in op 1-2. Denderleeuw kwam opnieuw langszij en eiste tot tweemaal toe een strafschop in de slotfase, maar de scheidsrechter sloot telkens de ogen. Het bleef 2-2 en de champagne kon knallen. Na 39 jaar klom Cappellen opnieuw naar tweede klasse.
Eén week later werd de titel nog luister bijgezet door revanche te nemen tegen Union: 3-2. Naar aanleiding van deze wedstrijd stonden er tal van activiteiten gepland. Zo zouden enkele valschermspringers tijdens de rust in de middencirkel neerlanden. Eén van hen kreeg zijn parachute niet open en moest een noodlanding maken in een boom van het Gemeentepark. Gelukkig kwam hij er zonder erg vanaf.
Tijdens dit kampioenenjaar werd de zege bij Izegem op een vreemde manier behaald. De stand bleef lange tijd 0-0. Vijf minuten voor het einde werd een voorzet vanop rechts door een West-Vlaamse verdediger opzettelijk met de hand beroerd. De speler van Izegem lag in de clinch met zijn bestuur en wilde zich op deze manier laten gelden. Het cadeau werd door Stanley Aboraa in dank aanvaard. De strafschop werd perfect omgezet.
Rode draad doorheen dit gebeuren was uiteraard hoofdtrainer Stany Gzil gewezen Pools international. In de zeven jaar dat hij in Cappellen vertoefde, maakte de club met discipline, organisatie en aanvallend voetbal telkens weer het hoogste aantal doelpunten en incasseerde het laagste aantal tegentreffers. Naast Gzil was het vooral door het voorzittersduo Jos Van Wellen ? Jacky Buchmann dat de club financieel gezond werd en kon doorgroeien op sportief gebied. Op vraag van deze beide heren was Rik Coppens eind jaren 80 immers zijn visie komen geven over het voetbalgebeuren in Kapellen.
Toch eindigde het seizoen in mineur. Waar feest en vreugde op hun plaats waren geweest, werd het een doodse bedoening op de jaarlijkse dorpsdag. Voorzitter Jos Van Wellen was trots op de prestaties die Cappellen had bereikt, maar besefte dat tweede klasse het eindstation zou zijn voor zijn geel-rode trots. Van Wellen zag een fusie met buur Germinal Ekeren als noodzakelijke tussenstap naar een echte topclub in het noorden van Antwerpen. Voor de kleine groep supporters van Cappellen FC was dit echter niet het vooropgestelde droomscenario. Trouwheid aan de eigen club zit elke Antwerpenaar immers ingebakken. Enkele dagen voor de Kapelse dorpsdag werd in recordtempo een actie opgezet om de fusie tegen te houden. Niet omdat de supporters iets tegen Germinal hadden, want vele supporters gingen steeds naar de thuiswedstrijden van de beide ploegen kijken. Wel omdat Cappellen Cappellen moest blijven. Voetbal onder de kerktoren.
Vele duizenden sympathisanten zetten hun handtekening, waardoor de fusie niet door ging. Cappellen bleef op eigen houtje verder werken en ging aan een avontuur in tweede nationale beginnen. Jos Van Wellen ging alleen naar Ekeren om er de club groter te maken en zag later Stany Gzil en Stanley Aboraa nog passeren in het Veltwijckstadion. Bij Cappellen werd zoon Louis Van Wellen voorzitter. Nu, vele jaren later, is Jos terug thuisgekomen: opnieuw bij Cappellen FC. Cappellen heeft Van Wellen nodig en vice versa.